微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。
随着农民科技意识的提高，生物有机肥的应用受到了广泛重视。但随着研究的深入、应用技术与生物工程技术水平的提高，生物有机肥研发、生产和应用中遇到的问题将会逐步得到解决，生物有机肥的生产与应用前景将越来越广阔。
当前，合成生物学产业已经在全球站稳一席之地，国内外也成功孕育出了一批合成生物学优质企业。其中，具有差异化产品布局、系统开发技术平台、高通量大规模筛选能力以及自主菌株知识产权的企业具有市场竞争力。合成生物经济正助力我国实现绿色、低碳、健康的新时代经济发展模式。
生物菌肥行业现状
近些年来，我国各种各样肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。这其中以有机菌肥为主要发展方向，这类肥料具有科技含量较高、增产效果明显和无公害的特点，这类肥料的生产、推广和应用对增进土壤肥力，提高园林植物成活率，改善园林作物品质和切实推行园林绿化可持续发展都有积极意义。
微生物菌肥在这两年也越来越受到农民的欢迎，对于农资企业而言也意味着巨大商机。由于国家对生物菌肥的大力支持，大量企业进入生物菌肥行业，生物菌肥行业总资产迅速扩大。
据统计，目前我国微生物肥料生产企业总数有1100多家，年产量1200万吨，年产总值达200亿元，生物肥料累积应用面积2亿亩以上。与10年前相比，微生物肥料生产企业数量、产值和推广面积均翻了一番。然而，与我国化肥用量(实物量)约1.3亿吨比起来，微生物菌肥只占化肥用量的7%左右，但菌肥的神奇效果正在引起农资行业各个层面的高度关注，未来，微生物肥料将要迎来更大的发展，菌肥产业正在崛起，新产品、新技术备受期待。
据中研产业研究院《2022-2027年中国生物菌肥行业供需趋势及投资风险研究报告》分析：
目前中国微生物肥料应用主要集中在三大区域：一是南方水稻种植区域，应用面积达到4700万亩，用量超过10万吨。二是大中城市周边区域，该区域多为蔬菜、水果等经济价值较高的种植区域，应用微生物肥料可提高农产品品质，减少土传病害的发生，增加农产品的经济价值。三是珠三角、长三角的污染耕地区域，正在探索应用微生物肥料抑制重金属、降低农药用量，保护生态环境的技术方法和措施。