我国水产养殖从大的方面讲，存在的挑战有：土地资源、水资源、饲料蛋白质源紧缺。粮食安全与绿色发展、生态安全的协调性。水产养殖业使用和交换，水生遗传资源将成为问题。鱼粉和鱼油和低经济价值鱼在水产养殖中的应用被关注。改进饲料转化率和养殖场饲料及喂养方法。水产养殖业是人类发展的必然结果，为人类社会提供丰富的蛋白质食物来源，是粮食安全的重要组成部分。
近年来，随着我国渔业的高速发展，高投入、高产量。各种水产品的排泄物、残饵等经过长时间累积，严重破坏养殖水体的生态平衡，失去本该存在的自然调节功能，致使大规模发生传染性疾病，给养殖户带来严重的损失。
2023水产养殖行业市场调研分析
在此背景下，国家不断发文推动水产绿色健康养殖技术发展。例如2021年农业农村部印发《关于实施水产绿色健康养殖技术推广“五大行动”的通知》，决定在“十四五”期间组织实施水产绿色健康养殖技术推广“五大行动”(以下简称“五大行动”)。到目前，我国各地渔业部门积极响应，扎实推进，效果显著，共培育“五大行动”骨干基地984个，示范面积492万亩，示范推广水产新品种96个。骨干基地实现生态健康养殖模式全覆盖，养殖尾水实现循环综合利用或达标排放，水产养殖用兽药总使用量同比减少7%，配合饲料替代率平均达到77%。
相关人士表示，我国水产品生产将加快转型升级，产量增速将有所放缓，消费需求将继续增长，市场供需结构将持续优化。随着资源约束趋紧，水产品产量增长空间将受到限制，在“以养为主、养捕结合”方针的指导下，水产养殖仍将是中国渔业生产增长的主要动力，养殖产量占水产品总产量比重将持续增加。
养殖结构的改变应当从养殖属性和养殖方向来进行更新改革。例如沿海地域的滩涂养殖比较普遍，但也有必要尝试工厂化作业养殖或者深海养殖，将养殖空间最大化扩张。在人民的生活水平不断提高的同时，心理需求也在不断发生着改变，从前满足于温饱，而现在观光旅游已然较为常见.所以养殖业可以向观光类、休闲类方向发展，利用养殖业天然的地域优势来吸引消费，带动地域化养殖业的发展，继而带动该地域的相关产业的共同发展。