近年来，微生物菌剂产品的数量不断增加、种类不断丰富，推广应用范围也在不断扩大，产品种类已从根瘤菌菌剂向多菌种、多养分、多功能产品拓展。微生物菌剂所应用的作物已从最初的豆科、油料和纤维类作物，扩展到粮食、糖料、蔬菜、水果、烟草、中草药和观赏花卉等作物。此外，有机物料腐熟菌剂和土壤修复菌剂在农作物秸秆、畜禽粪便腐熟和酸性土壤、盐碱土、次生盐渍化土壤改良等方面得到了较好的应用。与此同时，土壤多样性提升、化肥减量增效等项目的实施进一步促进了我国农用微生物菌剂的推广应用。
微生物菌肥是二十一世纪的新型肥料，它用现代生物工程即国际先进工艺生产的生物产品。是一种低炭、纯天然、无毒、无害、无污染的有机微生物菌剂。具有提高土壤保肥、保水，抗寒能力，讯速繁殖形成有益菌群增强作物抗病能力，增加土壤中的有机质，阻止病原菌入侵，减少植物的病虫害生长。
2023年中国农用微生物菌剂行业投资风险分析
国家标准GB20287-2006《中国的农用微生物菌剂标准》由中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局、中国国家标准化管理委员会于2006年5月25日发布，2006年9月1日正式实施。行业标准NY/T2321-2013《微生物肥料产品检验规程》是由国家农业农村部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心制定的，标准规定了农用微生物菌剂的术语和定义、产品分类、要求、试验方法、检验规则、包装、标识、运输、贮存。并规定了产品的技术指标，常用检测培养基制定、常用染色体、稀释法、和酶活的测定。
依据国家发改委印发的《“十三五”生物产业发展规划》、农业农村部印发的《农业绿色发展技术导则(2018—2030 年)》等一系列文件对微生物肥料产业提出的要求，未来重点研发的产品包括固氮及根瘤菌剂、溶磷菌剂、微生物种子包衣制剂、复合微生物肥料等。我国微生物肥料产业已呈现出由单一菌种向复合菌种转化，由单纯生物菌剂向生物肥料转化，由单一剂型品种向多元化转化的发展趋势。
从技术角度看，微生物菌剂是生产微生物肥料的核心原料，已在农业方面显示出良好的使用效果，广泛应用于粮食和蔬菜、水果等经济作物，在环保和生态修复方面已有针对土壤酸性、板结、盐碱化的微生物土壤修复剂，在农作物秸秆分解方面已存在有机物料腐熟菌剂。我国目前正推进测土配方施肥工作，未来产品将更具针对性。