传染病医院在整个医院的占比并不高，且都集中在省会或经济强市。这意味着，在经济实力落后的区县一级基层医院中，绝大部分都没能力建设专门的传染病医院。传染病患者如需就诊就只能去普通医院，这将极大增大交叉传染风险。医院感染科是新发、突发传染病及其他重大公共卫生事件发生时，冲在第一线的科室。
专家指出，新冠疫情使感染科获得重视，新冠疫情后，应将大感染学科建设融入公卫体系，加强经费投入，不以经济效益为核心作为考核体系，确保“平战结合”有效运行。随着全球人员流动深度、广度的加大，传染病的暴发频率和预防难度将远超从前，各地尤其是特大城市亟需提高对疾病预防控制的重视程度，通过加大财政投入、加快改革劳动人事制度以吸引高素质人才等手段，尽快解决疾控中心公共服务缺位的问题。
传染病专科医院行业发展面临的问题
全国重症床位急速扩张：根据国家卫健委数据，2022年12月9日，全国重症医学床位总数是13.81万张，重症医学床位接近10张/10万人的水平;截止到12月25日，全国重症医学床位总数是18.1万张，也就是10万人有12.8张。在3年的新冠感染疫情应对中我们有非常成功的经验，也暴露出一些短板和弱项。短板之一就是，危重症床位总数。与欧美一些国家相比，我国的危重症床位总数尚有比较大的差距。“发达国家危重症床位数，德国和美国为每10万人接近30张，欧盟平均为14.3张重症监护床位，这些发达国家在新冠疫情中均曾出现危重症床位不足的情况。”
三年新冠感染的疫情应对中，我国医疗体系暴露的另一块短板，在王广发看来，是某些传染病院“(在)应急状态下掉链子”。“掉链子”与这些传染病医院运营艰难不无关系。与综合性医院或其他专科医院相比，传染病专科医院多以收治普通传染病为主，具有公立医院和公共卫生的双重属性，承担着更多的社会公益性医疗救治任务。但迄今，传染病医院尚未纳入公共卫生体系。
根据中研普华研究院撰写的《2023-2027年中国传染病医院行业全景调研与发展战略研究咨询报告》显示：
从分等级建设发起方来看，三级及以上医院建设传染病医院占比超过8成，主要是因为三级及以上医院，基于自身信息化建设完备度、更雄厚的资金技术实力、患者流量等多种因素，建设发展传染病医院，使其成为医院建设发展智慧医院、实现数字化转型的必选项。从分医院类别建设发起方来看，综合医院建传染病医院比例为69.1%，成为传染病医院建设主力军。此外，随着医院专科信息化发展，单病种收费推进，专科医院、中医医院也在加速布局传染病医院，分别占比12.8%、11.7%。目前，专科医院建设传染病医院较普遍的是皮肤病专科、精神心理病专科、眼病专科和肿瘤专科等专科类医院。