2022年7月，在被任命为国家疾控局副局长一年多后，中国工程院院士沈洪兵兼任中国疾控中心主任。
作为新一届全国政协委员，沈洪兵代表疾控体系建言献策，他带来了建设国家级疾控机构海外分支机构的提案。
3月10日，在接受红星新闻专访时，作为分子流行病学专家的沈洪兵表示，新冠疫情还没有结束，病毒仍在变异，预计还会有新一波的疫情出现，但不必过分担心。谈到中疾控正在进行的系列专项调查研究，沈洪兵介绍，中国疾控中心正在进行流行病学调查，摸底感染率、本底抗体水平、监测病毒变异株和“长新冠”等。
进入后疫情时代，对于疾控体系改革，沈洪兵透露，中疾控正在研究调整优化“三定”方案，推动改革发展，突出监测预警、科学研究、国际交流和合作等重要职能，完善运行机制和激励机制等。
疾控体系改革，人才和经费是最核心的。谈到公共卫生人才短缺的问题，沈洪兵希望加挂中国预防医学科学院牌子的中国疾控中心，在I类事业单位管理的基础上，参照科研类事业单位设立激励机制。
↑全国政协委员、中国工程院院士、国家疾控局副局长、中国疾控中心主任沈洪兵
谈疾控体系改革：
中疾控“三定”方案正调整优化
更加重视监测预警和科学研究
红星新闻：国家疾控局成立以后，中国疾控中心的职责有哪些变化，未来二者怎么分工配合？
沈洪兵：在国家层面上成立国家疾控局，标志着中国政府更加重视疾病预防控制工作，行政管理的层级提高了，职能强化了。
国家疾控局主要是制定以传染病为主的疾病预防控制的规划、政策、法规和行政监督管理等。中国疾控中心更多的是学术和技术层面的工作，主要负责疾病预防控制的专业技术支撑、公共卫生服务、监测预警、科学研究、技术开发和利用、教育培训等。
实际上，国家疾控局成立以来近两年的时间里，主要精力还在疫情防控上面，统筹兼顾疾控体系改革和发展。中国疾控中心围绕中央对疾控体系的改革文件，正在研究调整优化“三定”方案，在保持现有架构的基础上，加挂中国预防医学科学院牌子，更加突出监测预警、科学研究、全球公共卫生合作等。尤其是，现在国家提出科技自立自强，要加强人才队伍建设，要强化战略科技力量的培育，那么疾控体系的战略科技力量在哪里？最主要的应该在中国疾控中心。