菌种是发酵技术的源头，也是发酵技术的核心。发酵可替代部分农药、食品添加剂的使用，这使微生物领域益生菌的应用规模得以扩大。芽孢杆菌是农用益生菌的重要组成，可用于制造生物杀虫剂、生物杀菌剂、水质进化剂以及微生物肥料。
农业农村部微生物产品质量监督检验测试中心教授陈振民表示，目前芽孢杆菌市场面临着能源稀缺、原料资源紧缩、人力成本持续上升、销售价格下滑等困境。此外，还有菌种分化、产能下降、发酵噬菌体污染、生物的误差难以控制、优质氮源的缺乏、科学试验方法实践的缺乏、工程设备能力的不足等多个限制因素。目前，芽孢杆菌在养殖业以及农业中的市场份额分别为45%和21%。
近年来，我国生物发酵产业通过增强自主创新能力、加快产业结构优化升级、提高国际竞争力，使得产业规模持续扩大，并形成了一些优势产品。大宗发酵产品中的味精、赖氨酸、柠檬酸等产品的产量和贸易量位居世界前列;淀粉糖的产量在美国之后，居世界第二位;其他如山梨醇、葡萄糖酸钠、木糖醇、麦芽糖醇、甘露糖醇、酵母和酶制剂等产品也处于快速发展阶段;生物基材料、化学中间体的生物制造等尚处于起步阶段。
根据中研普华产业研究院发布的《2022-2027年发酵菌种产业深度调研及未来发展现状趋势预测报告》显示：
发酵饲料是以微生物、复合酶为生物饲料发酵剂菌种，将饲料原料转化为微生物菌体蛋白、生物活性小肽类氨基酸、微生物活性益生菌、复合酶制剂为一体生物发酵饲料。该产品不但可以弥补常规饲料中容易缺乏的氨基酸，而且能使其它粗饲料原料营养成份迅速转化，达到增强消化吸收利用效果。
生物有机肥是有机固体废物(包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、淤泥、糟渣、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物)经生物肥菌种发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料。农家肥，堆肥，沼渣，商品有机肥等。商品生物有机肥，商品化生产的生物有机肥，即农家肥商品化生产后的产物。
发酵菌种行业发展现状分析
随着国民健康意识的崛起，发酵食品蓬勃发展，益生菌、酵素等新品类虽起步较晚，但成长快速。中国的发酵食品产业已不仅仅局限于通过菌种培养筛选和工艺改进等提高生产效率，也越来越多研究产品的健康性，并催生了一些在市场上比较活跃的产品如益生菌、酵素等食品或保健食品，有效满足了不断增长的健康需求。